飛び込み自殺をするはずのローカル線が廃線となり、生理不順で味覚障害な中学二年生・有賀海幸の保険金自殺計画はムダになってしまった。途方に暮れる彼女は、タガログ語で“幸せ”を意味する名を名乗る年上の少女・リガヤと出会う。「ボクがこいつを『幽霊鉄道』として、甦らせてみせる！」謎めいた彼女は、廃棄列車を復活させ自殺志願者の海幸に“死”を与えることを誓うのだった。海幸とリガヤの、忘れられない夏が始まるー

中学三年の夏休み。初花晴は脚の負傷で大好きなバスケットボールを遠ざけ、地方にある祖父母の家に兄とともに滞在している。祖母ハルの勧めで、近くの山にある祠に兄とお参りに出かけると、その道中、森の中に広がる池の前にしゃがみ込む、華奢な金髪の少女と出会う。無表情で「自分の名前を知らない」「死にたい」とつぶやく少女を晴は説得。一週間だけ生きてみることにした少女をセミちゃんと名付けて友達になろうとする。しかし、セミちゃんの姿を見ることができるのは晴だけで、兄たちはまったく見えないという。記憶がまるでないようすのセミちゃんを放っておけない晴は、祖父母の家に招いて一緒に暮らし、寄り添うことにするがー！？