魔法。それが伝説や御伽噺の産物ではなく、現実の技術となってから一世紀が経とうとしていた。そして、春。今年も新入生の季節が訪れた。

　国立魔法大学付属第一高校ーー通称『魔法科高校』は、成績が優秀な「一科生」と、その一科生の補欠「二科生」で構成され、彼らはそれぞれ「花冠（ブルーム）」、「雑草（ウィード）」と呼ばれていた。

　そんな魔法科高校に、一組の血の繋がった兄妹が入学する。兄は、ある欠陥を抱える劣等生（ウィード）。妹は、全てが完全無欠な優等生（ブルーム）。

　どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを寄せる優等生の妹。二人がこのエリート校の門をくぐったときから、平穏だった学びの園で、波乱の日々が幕開いた。

狼の群れに君臨する気高き獣“アルファ”のような強く美しい瞳を持つ若き社長・隆之に政略結婚を持ちかけられ、加賀家に嫁ぐ決心をした由梨。愛のない政略結婚だと思っていたが、上司としてしか見ていなかった隆之の色々な面を知り、次第に彼に惹かるようになっていく。

そんなある日、祖父の突然の訃報を受け、5年ぶりに東京の今井家へ戻ることになってしまった由梨。そこには由梨を虐げてきた親族が集まって来ていてーー？

「誰よりも早く死体を見つける男」と「誰よりも早く犯人に辿り着く男」--生者と死者を繋ぐ、警察サスペンス！

捜査一課の捜査官「黒田」は、幼少期に惨殺された家族と数日に渡って閉じ込められていたトラウマから、遺体の臭いが共感覚の様に「赤い線」として見えるようになった。

黒田は警視庁内に新設された「特異行方不明者」捜査専門部署・「索査室」で、天才犯罪心理分析官、「伊香賀」と出会い…。