応仁の乱末期、若き甲賀忍・三郎兵衛は細川京兆家当主暗殺のため京の今出川屋敷に潜入するが、返り討ちに遭い独りで生還する。10年後、足利第九代将軍義尚が、六角家征伐のため大軍を率いて湖南に陣を敷いた。三郎兵衛改め新蔵人は復仇のため、異父妹のお喬らと夜襲をかけるが、将軍に深手を負わせるにとどまる。手練れの武士に強烈な反撃を受けたためだ。新蔵人はお喬の目の前で爆死。お喬はその死を受け入れられず復讐を誓う！

応仁の乱末期、若き甲賀忍・望月三郎兵衛は細川京兆家当主暗殺のため京の今出川屋敷に潜入するが、返り討ちに遭い、行動を共にした相思相愛のくノ一・お詮を失って独りで生還する。10年後、足利第九代将軍義尚が、六角家征伐のため2万の軍勢を率いて湖南の鈎に陣を敷いた。三雲新蔵人に名を改めていた三郎兵衛は復仇のため、異父妹のお喬らと鈎の陣に夜襲をかける。奇襲は当初成功したかに見えたが、将軍に深手を負わせるにとどまる。藤林半四郎という手練れの武士に強烈な反撃を受けたためだ。新蔵人は朋輩を逃がすためにお喬の目の前で爆死。異父兄に恋心を抱いていたお喬は、その死を受け入れられず復讐を誓う！

風呂の客のたくましい躰には傷痕がきざまれていた。（この客どの…もとは武士や）湯女の乳房が、客のあたまの上でおもたげにゆれている。後から入ってきた客がうかべたおどろきの表情に、二人とも気づかなかったようだ。伊那忍びの丹波大介は生きていたー。関ヶ原の戦から五年、きなくさい京で、忍びの血が呼びさまされた。

手練の忍術を遣い、乱世の影に生きた伊賀者・遠山太兵衛ー。遙か遠方を見直す「天眼通」、人の心を読む「他心通」など、人間離れした技を持ちながら、主君を求めず、野心を持たない。他の認者集団との死闘、戦国武将を陥れる危機一髪の作戦など、緊迫の展開から眼を離せない、戦国忍者エンターテインメント。