号令と共に教室を満たす銃声! 椚ヶ丘中学校3年E組は生徒全員が先生の命を狙う暗殺教室。教師と生徒、標的と暗殺者の異常な日常が始まるーー!!

名家の令嬢・さなぎが正体不明の暗殺者「スカル」から狙われているとの情報が! ボディーガードとしてやってきた守護丸は、いきなり手榴弾でハチを駆除!? ハチャメチャなボディーガードに守られる、さなぎの運命は!?

本当に好きだった。こんなにも人を好きになることは、この先一生ないだろうとさえ思った。言葉や仕草の一つ一つ、ちょっとした表情の変化、笑い声、髪から香る石鹸のにおい……思い出すと息が苦しくなる。まるで肺の中に、炭酸でも入っているみたいに。

　--透子。

　高校二年の夏。心臓の病が原因でなくなった彼女のことを、未だ引きずっていた成吾。

　あれから四年。交換日記の空白に綴られていく新しい返事。それは見間違えようもなく、透子の文字だった。

時を遡って紡がれる、あたたかくて切ない夏休みの物語。

小学生の青斗が住む海沿いの田舎町には、ひとつの伝説があった。それは土岐波神社にお願いすると、神様のトキコさまがやり直したい過去に"時渡り"させてくれるというもの。

両親の離婚によって、大好きなこの町を離れることになった少女・鈴。

そんな彼女のために最高の夏休みをプレゼントしようとする少年・青斗。

二人きりで過ごす最後の夏休み。神社で遊んでいた彼らの前に現れたのは、遠い所からやってきたという不思議な女性・一花だった。

ーーこれはそれぞれが胸に秘めたさよならの物語。