普段はモブとして力を隠しつつ、陰ながら物語に介入して実力を見せつける『陰の実力者』に憧れる少年・シド。異世界に転生した彼は念願の『陰の実力者』設定を楽しむため、妄想で作り上げた『闇の教団』を蹂躙すべく暗躍していたところ、どうやら本当に、その教団が実在していて…？ノリで配下にした少女たちに『勘違い』され、シドは本人の知らぬところで真の『陰の実力者』になり、そして彼ら『シャドウガーデン』は、世界の闇を滅ぼしていくー！！

１０桁以上という巨額の借金の存在が明らかになったクライ。さすがにこれはマズイと趣味の宝具購入を控える決意をしたものの、その直後にどうしても欲しい宝具がオークションに出品されることを知ってしまう。宝具を入手するために必死に金策に走るクライだったが、アークをはじめ皆からお断りされてしまうのだった。しかし「あの“千変万化”が欲しがっている宝具」という風評が事態をとんでもない方向へ導いて…！？

東せつながラビリンス再建のために去ってから１年後、桃園ラブ、蒼乃美希、山吹祈里は中学３年生になっていた。３人は、それぞれ将来の夢に向かってがんばっている。ところが、平和と思われた人々の生活を魔の手がおびやかしはじめ、突如あらわれた化け物に四つ葉町は大パニック。逃げまどう人々を見て３人は再びフレッシュプリキュアに変身する。しかし、その魔の手の正体は…！？

中学３年になった響、奏、エレンの３人と、メイジャーランドのアコは、それぞれの目標に向かって忙しい毎日を送っている。特にドイツへのピアノ留学が決まっている響は、王子からレッスンを受けていた。ところが、がんばる響の耳に異変が起きた。あらゆる音が今までと違って聞こえるのだった。何かが違う。一人悩む響をあざ笑うかのように、不気味な黒い雲が加音町の空を覆っていた…。

シプレ、コフレ、ポプリと出会った花咲つぼみ、来海えりか、明堂院いつきは、キュアブロッサム、キュアマリンそしてキュアサンシャインとなって、世界を砂漠化して征服しようとする『砂漠の使徒』と戦うこととなる。ダークプリキュアに敗れ、変身の力を失った月影ゆりは後輩プリキュアのつぼみ、えりか、いつき達にうながされて再びキュアムーンライトとなり、サバーク博士率いる『砂漠の使徒』との戦いに立ち上がろうとするのだが…！？