その日、丸川亮太がいつものように中学の制服に着替えて朝食をとっていると、テレビから「二つ隣の県の刑務所から女性が脱走した」という、少し前から話題になっているニュースが流れた。その逃亡犯は亮太の家の方に向かっているらしいとのことで、亮太の父親が住宅地を見張ろうと言い出した。そんな丸川家の向かいにある矢島家。小学生の姉妹と祖母・母親の四人で暮らしているが母親は留守がちで、姉のみづきが妹の面倒をみていたのだった。そしてその隣の真下家では…。

「私をー殺してください！」異世界からやってきたという儚げな少女は出会って早々、俺にそんな言葉を吐きやがった。なんでも、異世界とこちらをつなぐための大規模魔術の“生贄”から逃げてきたらしい。その儀式を止めるために、こちらの世界で死にたいのだとか…。「改竄」という力を使い、異能力を開発するこの学園都市で消化試合のような生活をしていた俺だが、「異世界転生」への手掛かりとなるコイツは何としても助けなくてはならない。「世界の命運なんて知ったこちゃないが、俺の目的のためにお前のことを守ってやるよ」電子と魔術、二つの力の邂逅が紡ぐ、運命を改竄する学園バトルファンタジー開幕！

魔神を討伐した六英雄の１人である魔術師・ギルフォード。魔神との戦いで瀕死の重傷を負ったギルは永い眠りにつきー目覚めた時、何故か千年が経過した上に若返っていて！？千年前とは違う平穏な日々や常識ー本来は秘匿するべき『特異魔術』をひけらかす魔術師達に戸惑うギル。それでも、「俺たちが手に入れた平和なら、謳歌しても文句はないよな」第二の人生を楽しむべく、最高峰の魔術学校に難なく入学し、常識外れの言動と能力で数々の伝説を打ち立てていく！名門魔術学校での青春、そして謎の組織・アビスの暗躍ー最強魔術師による新たなる王道魔術学園ファンタジー、開幕！！