陰キャな俺が活躍する時がきたようだな！

地味な高校生・藤堂大地と彼の通う高校の全生徒が突如、地図にも載っていない謎の無人島に転移してしまう。

その島では植物も動物も未知のものばかり。そして、皆のスマホには、食料や武器から拠点までも購入できる謎のアプリがインストールされていた。途方に暮れていた大地はスクールカースト最上位の美少女4人と遭遇し、生き延びるために協力し合っていくことになり……。前代未聞のサバイバル×ハーレム生活スタート！

保健室のベッドに入り浸る無気力系女の夜子、甲斐甲斐しくて面倒見の良い幼馴染の優理。彼女たちと過ごす石堂幸也のいつもの日常は、ある日を境に一変した。　突如として宣告された「課外活動」--。全校生徒の四分の三ほどは理不尽な死を迎え、生存者約千数百人はこの巨大学園に閉じ込められて生活することを強制された。脱出するための条件は、死んだら出現する≪魂のかたち≫を500個集めること。それぞれオリジナルの異能力を与えられた生徒たちは、生存をかけた極限のサバイバルに放り込まれたーー。　一発逆転を狙うギャンブラー、欲望のままにすべてを奪う武装集団、安息地に引き込もる姉弟、秩序を訴える優等生、心の壊れた少女、保健室暮らしの三人組、そして彼らの前に現れた連続殺人能力者ーー、それぞれの想いを胸に、それぞれの運命が動き出す。

あのとき、日本を動かしたのは龍馬でも松陰でもなかった！知の巨人２人が、薩長史観に隠された「幕末・維新」を語る。