保健室のベッドに入り浸る無気力系女の夜子、面倒見が良く甲斐甲斐しい幼馴染の優理。彼女たちと過ごす石堂幸也のいつもの日常は、ある日を境に一変する。突如として宣告された「課外活動」。千数百人の生徒たちは、巨大学園に閉じ込められて生活することを強制された。脱出の条件は、死んだら出現する“魂のかたち”を５００個集めること。オリジナルの異能力を与えられた生徒たちは、生存をかけて戦い抜くー。一発逆転を狙うギャンブラー、欲望に身を任せる武装集団、安息地に引き込もる姉弟、秩序を訴える優等生、心の壊れた少女、保健室暮らしの三人組。そして、彼らの前に現れた連続殺人能力者。それぞれの想いを胸に、それぞれの運命が動き出す。放課後バトルロイヤル開幕。

気がつけば異世界の森の中に転移していたコースケ。状況に戸惑いながらも生き残る為に森を突き進む彼は、今の状況を現世でプレイしていたクラフトゲームのように連想する。すると素材の採取から道具の製作まで、ゲームと全く同じ工程で行えることに気がついた。その能力を駆使して、森の中でサバイバルする日々を送っていたコースケだったが、突如美人ダークエルフに襲撃され…。