私立北神薙高校に通うミステリ好きの少年・本仮屋詠太は、校内で謎の本ー『牢獄学舎の殺人』を見つける。ある高校の音楽室／美術室／プールで発生する三連続密室殺人を描くその本格ミステリは、“読者への挑戦状”で締めくくられ解答編が存在していなかった…。読み終えた彼の前に、謎の少女が現れて告げる。「私は杠来流伽。溝呂木案件調査機構ー『未完図書委員会』の司書よ」彼が手にした本は、“読者への挑戦状”を解いた者が完全犯罪の手引書として使用できる「未完図書」の一冊だった！詠太と来流伽は『牢獄学舎の殺人』が現実に再現されることを未然に防ごうとするが、やがて校内で本物の密室殺人が発生。二人は虚実絡まる事件の謎を、解くことができるのか！？

特殊技術で開発され、航空機の歴史を変えた小型飛行船“ジェリーフィッシュ”。その発明者である、ファイファー教授たち技術開発メンバー６人は、新型ジェリーフィッシュの長距離航行性能の最終確認試験に臨んでいた。ところがその最中に、メンバーの１人が変死。さらに、試験機が雪山に不時着してしまう。脱出不可能という状況下、次々と犠牲者が…。第２６回鮎川哲也賞受賞作。

千真の前に現れた少女は、かつての恋人と同じ姿、そして同じ“夕海”と名乗った。だが彼女は、二年前に死んでいる…。更に、仕事中に遭遇した殺人事件ー密室の中で死んでいたのは、恩師の亡き妻とそっくりな女性だった。彼女たちの正体は？そして、この世界には“何”が起きているのか？灰色のベールが剥がされた時この謎の、真の姿が現れる。

無菌病棟、通称“クレイドル”。タケルと、コノハ、二人だけが入院する施設が、大嵐で貯水槽に通路を寸断され、外界から隔絶される。不安と焦燥を抱え、日付を越えた深夜ー。コノハは胸をメスで刺され、死んでいた。二人きりのはずの無菌病棟で、外気にすら触れられない彼女を誰が殺したのか？震える結末！