東せつながラビリンス再建のために去ってから１年後、桃園ラブ、蒼乃美希、山吹祈里は中学３年生になっていた。３人は、それぞれ将来の夢に向かってがんばっている。ところが、平和と思われた人々の生活を魔の手がおびやかしはじめ、突如あらわれた化け物に四つ葉町は大パニック。逃げまどう人々を見て３人は再びフレッシュプリキュアに変身する。しかし、その魔の手の正体は…！？

中学３年になった響、奏、エレンの３人と、メイジャーランドのアコは、それぞれの目標に向かって忙しい毎日を送っている。特にドイツへのピアノ留学が決まっている響は、王子からレッスンを受けていた。ところが、がんばる響の耳に異変が起きた。あらゆる音が今までと違って聞こえるのだった。何かが違う。一人悩む響をあざ笑うかのように、不気味な黒い雲が加音町の空を覆っていた…。

シプレ、コフレ、ポプリと出会った花咲つぼみ、来海えりか、明堂院いつきは、キュアブロッサム、キュアマリンそしてキュアサンシャインとなって、世界を砂漠化して征服しようとする『砂漠の使徒』と戦うこととなる。ダークプリキュアに敗れ、変身の力を失った月影ゆりは後輩プリキュアのつぼみ、えりか、いつき達にうながされて再びキュアムーンライトとなり、サバーク博士率いる『砂漠の使徒』との戦いに立ち上がろうとするのだが…！？

極東の島国・日之雄。その皇家第一王女イザヤ１８歳。彼女は、重雷装飛行駆逐艦「井吹」の艦長である。もちろん乗組員全員彼女の大ファン！そんな「井吹」に突然部下として乗り込んできたのは、主人公クロト。皇族傍系黒之家の息子クロトはイザヤとは幼なじみだったが、ある日、彼女に対し最っ低の事件を起こして皇籍剥奪、敵国ガメリア合衆国へと逃亡したのであった。お前、どの面下げて！？しかしクロトは言い切る、「俺はガメリアを牛耳る怪物から日之雄を守りに帰ってきた！」犬村小六の「恋と空戦のファンタジー」堂々開幕！！