突如、異世界へ召喚された高校生ナツキスバル。普通の一般人である彼に特殊な知識も技術も武力もあるわけもなく、さらに手にした能力は『死んだら時間が巻き戻る』という痛みを伴う『死に戻り』のみだった！

夏目智春は、幼なじみの幽霊少女に憑かれている平凡な（!?）15歳。高校入学の前日、黒服の美女からトランクを手渡される。その中には、謎の兵器 “機巧魔神” が入っていて……。“機巧魔神” を使って世界を救うために悪魔を滅ぼせ、と命令されて大弱りの智春。しかも、その兵器を狙って自称・悪魔の巫女と、生徒会長が戦いを仕掛けてきて大ピンチに!?

本当に好きだった。こんなにも人を好きになることは、この先一生ないだろうとさえ思った。言葉や仕草の一つ一つ、ちょっとした表情の変化、笑い声、髪から香る石鹸のにおい……思い出すと息が苦しくなる。まるで肺の中に、炭酸でも入っているみたいに。

　--透子。

　高校二年の夏。心臓の病が原因でなくなった彼女のことを、未だ引きずっていた成吾。

　あれから四年。交換日記の空白に綴られていく新しい返事。それは見間違えようもなく、透子の文字だった。

時を遡って紡がれる、あたたかくて切ない夏休みの物語。

小学生の青斗が住む海沿いの田舎町には、ひとつの伝説があった。それは土岐波神社にお願いすると、神様のトキコさまがやり直したい過去に"時渡り"させてくれるというもの。

両親の離婚によって、大好きなこの町を離れることになった少女・鈴。

そんな彼女のために最高の夏休みをプレゼントしようとする少年・青斗。

二人きりで過ごす最後の夏休み。神社で遊んでいた彼らの前に現れたのは、遠い所からやってきたという不思議な女性・一花だった。

ーーこれはそれぞれが胸に秘めたさよならの物語。